Η Φωτεινή Σκόνδρα-Μιχαλάκη εισήχθη, κατόπιν πανελλαδικών εξετάσεων, 3η σε σειρά επιτυχίας στην Οδοντιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών το 2009. Αποφοίτησε 1η σε σειρά επιτυχίας («Άριστα», Βαθμός 9,07) από την ίδια σχολή, τον Ιούλιο του 2014, όπου και έλαβε τον τίτλο της Χειρουργού Οδοντιάτρου. Καθ’ όλη τη διάρκεια των σπουδών ήταν υπότροφος του Κληροδοτήματος του Αντωνίου Παπαδάκη, ενώ έλαβε και τιμητικές διακρίσεις φοιτήσεως από το Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών.
Το 2015 εισήχθη 1η στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών των Βιοϊατρικών Επιστημών της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Πατρών, από όπου και αποφοίτησε το 2017 με «Άριστα» (Βαθμός 9,47), έχοντας εκπονήσει μονοετή ερευνητική εργασία με θέμα: «Μελέτη της έκφρασης των μηχανοευαίσθητων μορίων Πολυκυστίνης-1 και 2 στην κρανιοσυνοστέωση»
Το έτος 2018-2019 παρακολούθησε μετεκπαιδευτικό πρόγραμμα στην Παιδοδοντιατρική του Open College of London, από όπου έλαβε το βαθμό «With distinction». Έχει συμμετάσχει σε συνέδρια τόσο ως παρακολουθούσα, όσο και ως συμμετέχουσα με ομιλίες και posters.